国家质检总局为了规范检验检疫工作，建立依法把关、监管有效、方便进出、管理科学的出入境检验检疫机制，根据出入境检验检疫法律、法规的规定，制定了检验检疫工作流程管理规定，提高工作效率和工作质量。检验检疫工作的流程不是一成不变的，视不同的工作而定。一般来说，有以下5种基本情况。

　　报检→计收费→抽（扦）样→检验检疫、鉴定→卫生除害处理→拟稿→复审→制证→发证放行（电子转单或电子通关）。

　　食品卫生注册登记、认证或认可→报检→计收费→抽（扦）样→检验检疫、鉴定→卫生除害处理→拟稿→复审→制证→发证放行（电子转单或电子通关）。

　　动植物检疫审批→报检→计收费→抽（扦）样→检验检疫、鉴定→卫生除害处理→拟稿→复审→制证→发证放行（电子转单或电子通关）。

　　集装箱场站登记或动植物隔离场站登记→卫生检疫审批→报检→计收费→抽（扦）样→检验检疫、鉴定→卫生除害处理→拟稿→复审→制证→发证放行（电子转单或电子通关）。

　　检验检疫人员按规定设定放行条件和抽查比例→出口产品的生产企业把产品自检结果发送到检验检疫机构→电子报检→按比例进行抽查（计算机自动显示是否需要进行抽查，自动完成施检环节的结果登记）→制证→发证放行（电子转单或电子通关）。

　　国家质检总局对检验检疫流程的管理规定适用于出入境货物、运输工具、集装箱、邮寄物、人员及其携带物等的检验检疫。

　　出入境检验检疫流程，是指受理报检、计收费、检验检疫、卫生除害处理和发证放行的全过程。出入境检验检疫实行“一次报检、一次抽（采）样、一次检验检疫、一次卫生除害处理、一次计收费、一次发证放行”的工作模式。这种工作模式在实际工作中起到了很好的作用。

　　出入境检验检疫工作从受理报检至发证放行的总流程应在规定时限内完成。入境货物的现场检验检疫和抽（采）样工作是一并完成的，既可以节省时间，也可以降低成本。对来自疫区的运输工具、集装箱和携带染疫或染疫嫌疑物的运输工具、集装箱，检验检疫机构把它们作为重点检疫对象实行一次性检验检疫。对来自非疫区和持有效卫生检疫证书的船舶，实行以电讯卫生检疫为主的查验方式；对来自非疫区的飞机、汽车和列车采取监督抽查方式。对装有货物的运输工具、集装箱的查验，结合货物检验检疫一并完成。对汽车等陆路运输工具，建立统一的检验检疫注册、备案制度。对出入境人员，实行一次性申报登记。对出入境人员携带、托运的物品，实行单独检验检疫或与海关联合查验的方式。

　　出入境检验检疫的总流程由国家质检总局统一以综合业务计算机管理系统进行管理。目前，主要是CIQ2000综合业务管理系统。检验检疫部门实施电子监管后，安装了电子监管系统，与CIQ2000实现连接，计算机系统对报检企业发送到检验检疫机构的电子监管数据进行自动识别和判断，根据预先设置好的条件放行。此外，还有出口货物快速核放系统、口岸内地联合执法系统等。

　　按照国家质检总局的规定，各直属检验检疫局制定的出入境检验检疫流程及时限，须报国家检验检疫局备案；直属局辖区内各分支机构制定的流程及时限，须报直属局备案。